其实，《魂斗罗》这款游戏是根据一部异形的电影所改编而成的，在游戏第一部的时候，人类发现了一颗LV426的星球。

可是，在这颗星球上一直都是有守护人的，而这些守护人就是红隼组织，当玩家在玩第一部的时候，还一直以为比尔和兰斯是为了保护人类，打击入侵者。然而没想到的，红蓝裤衩才是入侵者。

然后是游戏的第二部，就是我们大家俗称的“超级魂斗罗”，由于接到了一个基地的神秘信息，于是，就派出了红蓝裤衩前去调查，可是，基地里的士兵已经变种成为了异形，红蓝裤衩也是展开了激斗……

然后人类高层对外宣称这是一次训练事故，其实，事情的真相就是人类高层在进行人体改造实验，然而最能证明这件事情的，就是在红蓝裤衩战斗时的武器胶囊上，原本应该带有的红隼标志已经不见了。

外星人在看到自己的科技被人类抢走的时候，就开始主动进攻地球，这个时候，红蓝裤衩就开始迎击，成为了地球上的英雄。然而战争并没有结束……

一次实验的事故爆炸，地球上丧生了80%的人口，然而引起这个大爆炸的竟然就是蓝裤衩比尔，同时，也害死了自己的兄弟红裤衩兰斯，最后，比尔就被判冻刑一万年。可就在这个时候，红隼组织又重出江湖，在地球上肆意破坏。

然后人类高层对于红隼组织的入侵，毫无还手之力，不得不再次放出比尔，来解决这场战斗。比尔出来之后，全力对抗红隼组织，到最后再次打入红隼组织的时候，就发现了一个无法相信的事情。

比尔发现红隼组织的幕后老大就是已经死去的红裤衩兰斯，两个人为了各自的阵营，大打出手。最后，兰斯还是死在了比尔的手中，之后兰斯就说出了一切的真相。

兰斯在自己的体内注入了外星人的细胞，从而成为了红隼组织的司令官，而人类的高层为了重新治理地球，以及制衡魂斗罗的力量。于是，就有了那一次丧失了地球上80%人口的爆炸，还把罪名算在了比尔的身上。

比尔在知道了事情的真相后，就毅然决然站在了红隼组织这边，之后也是把人类高层的三巨头消灭了，地球也没有随着人类高层的消失，而重获和平。

到了4444年，由于没有了人类高层的管理，地球变成了一个巨大的监狱，随之也出现了一个名为“魂斗罗”的犯罪集团。然而也不知道比尔用了什么方法，能够一直存活到现在，而且他也为了自己的正义，消灭了这个组织，魂斗罗的故事也就此彻底完结了。

当年的确传说《超级魂斗罗》在通关之后，使用秘籍的话就会出现柯纳米超人，也就是FC游戏《柯纳米世界》中的两位主角