肌肉萎缩的病因主要分为神经源性肌肉萎缩和肌源性肌肉萎缩，神经源性肌肉萎缩常见的原因是废用、营养障碍、缺血和中毒，前角病变、神经根、神经丛、周围神经的病变等，均可以引起神经兴奋冲动的传导障碍，从而使部分肌纤维的废用，产生废用性肌肉萎缩。

另一方面，当下运动神经元，任何部位发生损害以后，它到末梢部位释放的乙酰胆碱会减少，交感神经营养作用的减弱，从而导致肌肉的萎缩。

另外是肌源性肌肉萎缩，肌源性肌肉萎缩是肌肉本身的疾病，可能还会包括一些其它的因素，比如肩带或面肩肱型的肌肉营养不良的患者。

通过形态学检查，证实为脊髓型肌肉萎缩，用微电极技术检查，患者肌营养不良的动物，显示机能性失神经肌纤维者约占三分之一，两大类主要因素可以引起肌肉萎缩，神经受损，称神经源性肌肉萎缩。肌肉本身的疾病，称为肌源性肌萎缩。