革兰氏染色法一般包括初染、媒染、脱色、复染等四个步骤。

结果：革兰氏阳性菌呈蓝紫色，革兰氏阴性菌呈红色。

革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌在化学组成和生理性质上有很多差别，染色反应不一样。现在一般认为革兰氏阳性菌体内含有特殊的核蛋白质镁盐与多糖的复合物。

它与碘和结晶紫的复合物结合很牢，不易脱色，阴性菌复合物结合程度底，吸附染料差，易脱色，这是染色反应的主要依据。

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阳性菌菌体等电点较阴性菌为低，在相同pH条件下进行染色，阳性菌吸附碱性染料很多，因此不易脱去，阴性菌则相反。所以染色时的染色液pH和染色时间等条件要严格控制。

例如，在强碱的条件下进行染色，两类菌吸附碱性染料都多，都可呈正反应； pH很低时，则都可呈负反应。此外，两类菌的细胞壁等对结晶紫-碘复合物的通透性也不一致，阳性菌透性小，故不易被脱色，阴性菌透性大，易脱色。所以脱色时间、脱色方法也应严格控制。