造成两大运河收入差距的主要原因是运河的通航能力：

苏伊士运河的通航能力更强。苏伊士运河可通过25万吨满载的油轮和37万吨的空船，通过运河的时间为11小时，全日船只通过量可达100艘以上。亚洲和欧洲之间除石油以外的一般货物海运，80％经过苏伊士运河。巴拿马运河由于受到船闸尺寸的限制，目前只能通过小于7.8万吨的船舶，且船舶尺度为长小于297m,宽小于32 58m,最大吃水12 04m，日平均通过量为50-60艘。

巴拿马运河收费：1.如果一条货轮（船舶）通过运河船闸时，一前一后需要用两艘拖轮，使用一艘拖轮是195美元，使用两艘拖轮就是390美元。

2、运河共有3座船闸，一艘通过3个船闸的船就增加拖轮使用服务费1170美元。

3、每条船过河时在岸上还需用4个火车头牵引，每个火车头用一根或两根钢缆牵引过河船只；一根钢缆提价6.5美元，8根就是52美元，通过3个船闸就是156美元。

苏伊士运河收费标准，每条船第一次过苏伊士运河时，当局会测量一个苏伊士净吨位，并以此来计算运河费，费率表是超额累进制，根据苏伊士净吨位和费率表计算出来的结果再乘上一个特别提款权SDR兑美元的比率，计算出来的结果就是需要支付的运河费。以1艘5000箱位的集装箱船为例，单向通过运河的价格大概为30万美元。