成都大熊猫繁育研究基地是在成都动物园饲养、救治、繁育大熊猫的基础上建立起来的。20世纪80年代，邛崃山系冷箭竹开花枯死，一部份大熊猫因缺食饥饿而被救护集中到成都动物园。

1987年，为了加强对病饿大熊猫的救治管理，将大熊猫的教育展示功能与救护研究功能分离，强化大熊猫科学研究，提高大熊猫繁育水平，成都市人民政府决定建立成都大熊猫繁育研究基地，并与成都动物园实行一套班子，两块牌子。

1990年后，成都基地与成都动物园分成了两个独立的实体单位。

1992年，大熊猫博物馆对游客开放。

1997年，成都大熊猫繁育研究基地在国家计委、成都市计委、成都大熊猫繁育研究基金会共同资助1500多万建立了国内第一家开展中国特有濒危保护研究的开放实验室。

2000年，在全国野生动物保护系统率先开展公众保护教育工作，成立科普教育部。

2001年，开放实验室被四川省科技厅命名为“濒危动物繁殖与保护遗传四川省重点实验室”。同年，成都基地与四川大学合作开展研究与实验。