可能是以下原因之一：

1、两处或两处以上工资

在系统进行个税申报时，每处工资均进行5000元/月的费用扣除，汇算清缴只能扣除一个5000元/月。费用平常多扣了，汇算清缴可能会补税。

2、中途离职

我们知道个税是累计预扣预缴，如果出现离职，由于扣缴义务人发生变化，原单位的申报累计数并不会转到新单位，新单位的申报数据和算税只累计本单位发的工资进行。比如某人8月离职，其1—8月收入每月2万，累计16万，适用税率10%，离职后新公司月收入也是2万。如果不离职，其9月份的工资个税税率为20%（14.4—30，20%），由于申报数据换公司后系统不计入新公司，离职后新单位2万的工资单独算税，税率3%（0—3.6），到12月税率为10%（3.6—14.4，10%）。此种情况，汇算清缴会补税。

3、被人挂名发工资

这个和两处及多处发工资一个道理，也可能涉及补税。