马皇后是因病去世的。

《明史》卷一百十三 列传第一：帝欲访后族人官之，后谢曰：“爵禄私外家，非法。”力辞而止。然言及父母早卒，辄悲哀流涕。帝封马公徐王，郑媪为王夫人，修墓置庙焉。

洪武十五年八月寝疾。

群臣请祷祀，求良医。后谓帝曰：“死生，命也，祷祀何益!且医何能活人!使服药不效，得毋以妾故而罪诸医乎?”疾亟，帝问所欲言。曰：“愿陛下求贤纳谏，慎终如始，子孙皆贤，臣民得所而已。”是月丙戌崩，年五十一。帝恸哭，遂不复立后。

朱元璋做了 皇 帝以后，想寻找马皇后的族人分封官爵，马皇后拒绝说：“分封爵禄偏爱外戚之家，不合乎法律。”

马皇后坚决拒绝才停止了这件事。然而有时谈到父母早亡，马皇后常常痛哭流涕。

1382年(洪武十五年)农历八月，马皇后在睡觉的时候得病。群臣请求祈祷祭祀，求取太医院的良医诊治。马皇后对朱元璋说：“死生，是命运的安排，祈祷祭祀有什么用处呢!况且医生又怎能使人活命!如果吃药不能见效，恐怕会因为我的缘故而降罪各位医生吧?”病情加重时，朱元璋问她想说什么。马皇后说：“希望陛下能够求取贤能的人，听取别人的意见，自始至终，认真对待，子孙都能够贤能，大臣百姓都能够有所依靠罢了。”

马皇后在1382年(洪武十五年)农历八月丙戌日(八月二十四)去世，享年五十一岁。朱元璋非常伤心，于是从此不再立皇后。

其实从正史上看，马皇后也没有大家说的那么惨了，算是善终的一个人。