从结构上来说，军用运输机相比民用运输机机身要更粗大，货舱地板面积也更大，另外军机尾部设有大舱门，便于大型装备、车辆从飞机后面装卸，在空中打开后舱门还可空投大型装备。

军机一般采用上单翼布局，上单翼布局能够保证发动机有足够的离地高度，在野战简易机场起降时避免发动机吸入异物，民用运输机则不然，平时都在标准机场起降，为了便于对机翼下的发动机进行检修，一般采用下单翼。军机还采用多轮式起落架和低压轮胎，这是为了减低轮胎与跑道间的压强，便于飞机在较松软的土跑道上顺利起降和滑行。

军用运输机与民用飞机最大的区别其实也不是机翼和起落架的布局和结构设计，而是设计理念的不同。军用运输机的设计理念是“会飞的货仓”，它要求的是承载能力和巨大的空间；而民用运输机的设计理念追求旅客的舒适性、运营的经济性和飞行的安全性，因此更多的是对平台气动性能和操纵性的要求。因为功能要求不同，所以才会有结构布局的差异，

民用飞机要求飞机机身具有良好的流线型，而军用运输机则要求机身具有足够大的空间和结构强度。在宽体客机出现之前民用运输机一般设计得比较细长，而军用运输机设计的比较粗胖，这是外观的直观特征。

从设计的更高要求上分析，由于民用飞机的运载能力不成问题，设计上更多的考虑经济性，因此它在设计上更关注细节，而军用运输机最重要的技术指标是承载能力与航程，因此对发动机、燃油系统、飞机的巡航性能要求很高。专为战场条件下使用设计的军用运输机在普通民用环境下使用成本颇高，一两架还可以，大规模机队使用的话，没有哪个国家会这么奢侈，也养不起。

总而言之，客机永远都是追求舒适，安全，经济的。而军用运输机要追求大的有效载荷，大航程的。最重要的是还要能满足严苛的使用维护环境，在简陋的机场上起降。因此从整体气动设计到机身结构都有很大不同，虽然是由不少相同的地方。