1948年人民解放战争胜利在即，国民政府令故宫博物院挑选贵重文物以军舰转运台湾。国民政府将故宫博物院南迁文物、国立中央博物院筹备处文物、国立中央图书馆善本图书、中央研究院历史语言研究所考古文物、外交部档案开始运往台湾，成立“中央文物联合保管处”。12月27日，第一批文物772箱（包括国立故宫博物院文物320箱、中央博物院筹备处212箱、中央研究院历史语言研究所120箱、中央图书馆60箱、外交部重要档案60箱）由中鼎舰运抵基隆港。

1949年，1月6日第二批由招商局海沪轮于1月6日运出，1月9日到达基隆，共计3502箱（包括国立故宫博物院1680箱、中央博物院筹备处486箱、中央研究院历史语言研究所856箱、中央图书馆462箱、北平图书馆明清舆图18箱）。

第三批文物由昆仑号军舰于1月29日运出，2月22日运抵基隆港，共1244箱；第三次原本计划搬运2000箱（包括国立故宫博物院1700箱、中央博物院筹备处150箱、中央图书馆150箱），但军舰一到海军部眷属就抢先上船，杭立武只好找海军司令桂永清解决，最后下令拆除办公桌，但由于运输舰舱位有限，最后只能运出1244箱（包括国立故宫博物院972箱、中央博物院筹备处150箱、中央图书馆28箱），剩下的国立故宫博物院728箱和中央图书馆28箱被迫留在南京。至此，总共有2972箱国立故宫博物院文物运台，南京还剩11178箱故宫文物，其中大部分在五十年代运回北京故宫，剩下两千多箱暂存南京至今。